南京定制一套小程序和在淘宝上购买小程序，哪个更划算，取决于多个因素，包括但不限于以下几点：

1. 功能需求：定制的小程序可以根据您的具体需求进行开发，而淘宝上的小程序可能是现成的模板，可能无法满足所有个性化需求。如果您的业务有特殊的功能需求，定制可能更划算，因为您只支付必要的功能开发费用。

2. 设计与用户体验：定制的微信小程序可以完全按照您的品牌形象和用户体验进行设计，而淘宝上的模板可能无法提供完全符合您预期的设计。如果设计对您来说非常重要，定制可能更值得投资。

3. 长期维护与更新：定制的微信小程序通常会有专门的开发团队进行维护和更新，而淘宝上的小程序可能需要您自己进行更新或者支付额外的费用。从长期来看，定制的维护成本可能会更低。

4. 安全性与稳定性：定制的微信小程序通常会考虑到安全性与稳定性，而淘宝上的模板可能不会提供相同的保障。如果安全性对您来说非常重要，定制可能是一个更好的选择。

5. 成本计算：定制的微信小程序成本通常包括开发费用、设计费用、测试费用等，而淘宝上的小程序可能只需要支付购买费用。但是，定制的费用可能会根据您的需求进行调整，可能最终比购买模板更便宜。

6. 时间因素：定制的微信小程序可能需要更长的时间来开发，而淘宝上的小程序可能可以直接购买并使用。如果时间紧迫，购买模板可能更划算。

综上所述，哪个更划算需要根据您的具体需求、预算和优先级来决定。建议您详细评估自己的需求，并与南京的定制开发团队和淘宝上的小程序卖家进行沟通和比较，以便做出最适合自己的选择。